在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
三十八岁的杨光（杨议 饰）是一名中医大夫，师从布乐堂名医杜仲。经历了离婚的杨光独自抚养患有先天性心脏病的儿子杨小光，并与师父杜仲一家感情深厚。然而，洪满堂对杜茯苓和杨光青梅竹马的关系心存疑虑，他的不安和自卑在婚后没有子嗣的背景下愈发加剧。他对杨光怀有戒心，甚至开始怀疑杨光对杜茯苓心怀不轨。尽管杨光努力维护洪满堂与杜茯苓的婚姻，尽心尽力，仍然无论怎样都难以消除洪满堂的疑虑，自己却因此蒙受了越来越多的误解与委屈。 最终，杨光决定离开布乐堂，转到御足堂做了一名足疗技师。洪满堂仍不放心，试图通过介绍对象的方式来解决问题。他将自己刚丧夫的白富美女同学张娜介绍给杨光，假借看病之名，实际上希望通过这种方式来推动两人相识。然而，杨光在几次上门探访后却屡次遭到张娜的拒绝。尽管如此，杨光逐渐对张娜产生了情愫，但在深入了解后发现张娜已经怀孕。此时，杨光不得不面对一系列复杂的情感和道德困境，努力寻找解决之道。
