故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。
林小如（李小璐 饰）是个最蠢笨的女孩，又是个最青春的女孩。她在护校就以粗心大意和烂成绩闻名，她有一个超级疼爱她的母亲，母亲为她搭通天地线，让她进入了全市最好的南方第五医院当护士。毫无意外地、她遭到所有同事的讥讽与嘲笑，然而她的爱心和善良却赢得了病人的真心赞许。 研究生邵剑波（任泉 饰）心高气傲，对医院种种陈俗陋习看不过眼，总以清高一面示人。然而林小如却看见了他性格中脆弱的一面，他每晚去一酒吧唱歌，那时的他十分忧郁。正当二人情愫渐生之际，医院院长千金、留学归来的蔡美云（张延 饰）却对邵剑波一见钟情。他们是众人眼中天造地设的一对。然而爱情讲究的、最终还是真心。 林小如的天真可爱融化了邵剑波心中愤世嫉俗的寒冰，让他认识到生活中平和美好的一面，他开始改变自己，他才明白，自己爱的是谁。
夏茉（季美含 饰）大学毕业后立志成为一名汉服博主，并决定收回海市的父母房产。租客沈钧尧（杨泽 饰）是一名科技公司的总裁，为了工作方便，在房子里安装了大量科研设备。经过数次商谈，夏茉和沈钧尧达成了共同使用房间的协议。令夏茉没想到的是，她即将入职的C站和沈钧尧所在的斯坦科技隶属于同一集团。两人在同一屋檐下生活，却互相看不顺眼。然而，幸运的是，智能机器人“星光”认主夏茉，而沈钧尧也逐渐发现了夏茉的可爱之处。 夏茉的男神林珩开始追求她，而沈钧尧也决定追求夏茉。他通过向C站公司借人、参加公司团建等方式，一步步接近夏茉，最终成功地追到了她。然而，就在这个时候，沈钧尧发现林珩并不真正喜欢夏茉，而他的真实身份竟然与夏茉多年来经历的阴影有着巨大的关系。
《康熙微服私访记5》沿袭该剧前四部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，演绎康熙微服私访中扑朔迷离、惊心动魄的传奇故事。不同的是，此次原班人马大换血，康熙由尊龙扮演，宜妃则换成性感美女温碧霞。本剧集分为“铸钱记”、“神童记”和“火箭记”三个单元故事组成。 经典古装 电视连续剧《康熙微服私访记》，自1997年至2007年已有五部作品出品。这五部作品一直延续该剧系列的作品风格，亦庄亦谐中既描摹出康熙在微服私访中的平易近人，又把他严惩贪官的威武一面刻画得入木三分。该剧系列的二、三、四部由张国立自导自演，第五部由孙树培导演执导。
