在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
霸气女神宁若笙与男神苏凛的婚姻正经历着“七年之痒”，此时怀上二胎的宁若笙认为丈夫苏凛对自己的感情日渐冷淡，赌气的她产生了离婚的念头，两人的婚姻也迎来了前所未有的危机。在30天的离婚冷静期中，两人回忆起了大学时期相识相知相爱的点点滴滴，才恍然大悟，爱情的基石是相互理解，彼此包容，而这场轰轰烈烈的离婚闹剧最终败给了爱情........
1927年秋，日本陆军总部命令东京大学生物研究所研制大规模杀伤性生化武器“ANGEL”，欲用于侵华战争。身为东京大学高级专家的吴文皓得知此事后异常震惊，立誓要阻止日本人的研究，并抢在他们前面研制“ANGEL”的解药“SR”。随后，吴文皓带着他的日籍妻子秘密回到奉天，可在车站上迎接他们的却是他的大舅哥——身为日本特高课行动组组长的三浦一郎。进而在他们三人之间为了抢夺“ANGEL”和解药 “SR”展开了一场爱恨交织的殊死搏斗，期间多名中国共产党人、爱国志士为保护“SR”献出了生命。最终用鲜血和生命终结了“ANGEL”可能带给中国人民的灾难，捍卫了民族尊严，见证了一段荡气回肠、历久弥坚、同仇敌忾的往日情怀。
经历了八年抗战和国共内战，古老的中华大地终于迎来了黎明的曙光，作为全国金融中心，1949年的上海为一片洋洋喜气所笼罩。然而欢庆的背后，不敢落败的国民党派出大批特务潜入上海，企图趁政权未稳之际实行破坏活动，其中以管理保密局特务组织光复社德中将社长陈恭鹏（钱雁秋 饰）最为殷勤，他指示特务、奸商和青帮大肆进行银元投机和伪钞印刷，对上海乃至全国的金融市场造成极大破坏。为此，上海军管会着手实行了整顿经济的铁流行动，中共特纵特务营营长燕双鹰（张子健 饰）便在此时临危受命。 燕伪装成贩卖毒品的青帮分子混入上海，他与老奸巨猾的陈恭鹏展开连番角力，在这一过程中，他的生命和信仰也经受着巨大的考验……
