在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
1949年1月5日，随着人民解放军攻克天津，北平解放已经只是个时间问题了，但人民解放军和国民党军的较量并没有结束……
殷商末年，纣王无道，荒淫度日，听信奸佞费仲谗言，欲将冀州侯苏护之女苏妲己占为己有，遂派大军压境，讨伐冀州以夺取妲己，不想妲己已被狐妖所附，丧失心智，助纣为虐。在妲己的煽动下，纣王杀文害武，斩妻杀子，聚敛民财，苦害生灵，与此同时，西伯侯姬昌勤于政事，善施仁德，西岐国力日渐强大。元始天尊见朝歌城已被妖孽所控，断定殷商气数已尽，决定派遣姜子牙下山辅佐姬昌伐纣。姜子牙垂钓磻溪，得文王相聘，后又听闻杨戬生来带有蕴藏神力之天眼，姜子牙深知此人一念成佛，一念成魔，故收杨戬为徒，启发他的善良和正义，并引导杨戬加入伐商大军。在文王驾崩后，其子姬发继位，成为周武王。武王拜姜子牙为相父，姜子牙正式辅助武王，起兵讨伐商纣。面对纣王、妲己、申公豹组成的邪恶力量，姜子牙、杨戬与雷震子、哪吒等五行上将团结一致，联手与妖邪势力作战。最终，西岐战胜朝歌，商纣江山倾覆，武王登基，姜子牙自此位列仙班。
