在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
某地在晏河清理行动中捞出白骨，继而牵出二十年前煤矿整合、矿难瞒报与跨河工程污染等一系列案件。省纪委调查组组长李铮带队，在住建局局长陈金生的暗中配合下，逐步揭开郑国权、沈世奎、周明等人编织的权力交易网络。
新东市岭水区税务局风控局局长郑昊（聂远 饰）运用大数据技术屡破要案，被调入稽查局担任检查二科科长；其前女友梁锦秋（杨蓉 饰），在异国打拼多年后也在此时回国发展事业；而与二人在大学期间称为“高智商铁三角”的财大教授赵明达（张铎 饰），正因女儿的病情陷入困境。看似祥和安泰的新东，暗处却有着一张巨大的以偷逃税牟利的犯罪网络，几人的命运被突如其来的种种境遇卷向了未知......
失忆的少女杀手月瑶（林思意 饰），十六岁这年，终于迎来自己的的第一次出杀任务。月瑶奉师傅之命刺杀“心狠手辣”的十四衙门将军鹤云行（李俊辰 饰）。月瑶潜入将军府行刺失败，还被鹤云行设计成为了他刚迎娶进门的新娘！月瑶为了完成刺杀任务，只得将计就计扮演起了鹤云行刚过门的媳妇，很快将军府里发生连环命案，月瑶成了命案的第一嫌疑人，在血腥凶案的刺激下，月瑶渐渐的开始恢复自己失去的记忆，但此时她还不知，自己已经卷入了一场惊天的阴谋之中………
