故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。
清朝道光年间，年轻人杨昱乾（吴京 饰）一直跟随师傅修习外家拳，因受先天条件限制，一直没能修炼到登峰造极的境界。因此，师傅建议他改为修炼内家拳，可惜杨昱乾一直没有机会。一次，杨昱乾的父亲回来摆寿时被人上门破坏，杨父迁怒于师傅没有好好教杨昱乾，于是赶走了师傅。随后杨父前往找人晦气时被官府逮住，回来后自觉没脸在家而外出了。而没了师傅的杨昱乾为了修习武艺，也辞别了母亲外出拜师学艺。 杨昱乾来到了京城，因为人老实而且没有出过远门，他被人骗光了钱财，只好到一家花店当伙计。一日，花店收到订单拍杨昱乾送一批花篮到漕帮帮主的灵堂。在灵堂上，杨昱乾遇到了前来拜祭的高手董海川，想拜他为师，无奈海川此时有事要办，无法答应，不过海川再次指出杨昱乾的天资应该修习内家拳。随后，陈氏太极高手陈正英（于海 饰）的女儿陈少琪（樊亦敏 饰）代父前来拜祭，此时恰逢漕帮众人为了争夺帮主之位而大打出手，其中一伙竟然还劫持了已故帮主的妻儿。杨昱乾看不过眼，出手相助，被众人打伤。危急关头陈少琪以太极拳相救，帮主夫人趁乱救出了杨昱乾。杨昱乾获救后决心找寻太极高手学艺……
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解放战争后期，新B军司令沙秉章被调驻守丰城，而国民党保密局也将鲁敏芝调往丰城，她的首要任务就是调查沙秉章是否有投共的意图。山野洋子秘密来到丰城，她的目的是遵父山野诚一之命意欲执行一项BBURH行动，找到父亲遗留在丰城的细菌炸弹。齐中飞作为我党地下组织人员在沙秉章身边潜伏多年，沙秉章虽是抗日名将，却饱受国民党内部的猜疑。齐中飞一直观察沙秉章的一举一动，计划让沙秉章起义投共。而沙秉章在抗日战争时缴获的细菌炸弹，一直是他的秘密王牌。最终，沙秉章在深思熟虑之后率部起义，细菌炸弹也交给我军妥善处置。
改编自陈研一的小说《完美嫌疑人》，以一场看似完美的犯罪为引线，串出表象之下的人性“病态”，裹挟着孩童事件，反照出众生相。
